1、肛周脓肿：是形成肛瘘最主要得原因，95%以上的肛瘘由此形成，而肛周脓肿是由于粪便滞留肛隐窝导致肛腺炎而发生的。肛周脓肿溃破或切开引流后，如果局部慢性炎症持续存在，会逐渐形成瘘管。

　　2、肛裂：肛管皮肤裂开并反复感染，感染在局部皮下扩展并发展成为脓肿，脓肿溃破后可逐渐发展成为皮下瘘管，或者形成没有外口的单口瘘管。

　　3、会阴部手术：肛门手术术后感染或愈合不良，产后会阴部缝合后感染或严重产伤愈合不良，均可波及到肛门引起脓肿或肛瘘。

　　4、直肠肛门损伤：误吞的骨头、枣核、金属排便时损伤肛门直肠或者外伤，细菌感染后引起。

　　5、炎症性肠病：溃疡性结肠炎和克罗恩病均可并发肛门直肠瘘管，尤其是后者发病率可达14%-76%。

　　6、免疫力低下：当人体免疫力低下时，细菌易侵袭导致肛周脓肿脓肿和肛瘘的形成。常见于恶性肿瘤或血液病患者化疗后。

　　7、其它：肛门直肠恶性肿瘤、结核等。

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