1、内口的存在：脓肿虽然破溃或已切开引流，但原发感染源如肛窦炎、或肛腺感染依然存在，肠腔内容物还可从内口继续进入瘘管。

　　2、肛门部不能静养，脓腔不易粘合：排粪、排尿时，因括约肌收缩或因炎症刺激肛门括约肌，使肛门括约肌经常处于痉挛状态。

　　3、肠腔中的粪便、肠液和气体继续进入瘘管，刺激管壁，使管壁结缔组织增生变厚，管腔难以闭合。

　　4、数外口或数瘘管，如果就只有一个，称为单纯性肛瘘，如果是多个，就叫复杂性肛瘘。但有些瘘管过长或弯曲，临床也可以称为复杂性肛瘘。复杂性肛瘘有时是单内口，有时是多内口，这要分清，因为临床的治疗方法不同。

　　5、皮下黏膜下大部分的肛瘘都穿越了肛门括约肌，但皮下黏膜下肛瘘是个例外。

　　这是两类最表浅的肛瘘，基本都位于括约肌的内侧：位于肛缘皮下的叫皮下瘘，肛缘一周都可能发病，离肛缘都很近，一般不超过5cm，内口位于与外口对应的齿线处;位于直肠黏膜下的叫黏膜下肛瘘，内口位于同点位齿线。

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